免疫系统论，是国家审计是经济社会运行的“免疫系统”的简称。
免疫系统论由审计署提出，刘家义审计长在2008年全国审计工作会议上讲话中予以明确。
刘家义审计长指出：“经过25年的实践探索和理论创新，我们逐步认识到，审计是国家政治制度不可缺少的组成部分，从本质上看，是保障国家经济社会健康运行的 “免疫系统”；审计工作的根本目标是维护人民群众的根本利益，现阶段具体体现为“推进法治、维护民生、推动改革、促进发展”；审计工作的首要任务是维护国家安全、保障国家利益、推进民主法治、促进全面协调可持续发展；审计工作必须坚持“依法审计、服务大局、围绕中心、突出重点、求真务实”的方针。这是我们在科学发展观的指导下，深入分析“什么是审计”、“为什么要审计”、“为谁审计”、“靠谁审计”和“怎样审计”等一系列问题，适应经济社会发展新要求的基础上提出来的，是总结我国审计25年发展经验的成果，是学习借鉴国外审计发展经验的成果，是深入贯彻落实科学发展观的体现。从经济社会发展与审计发展的内在联系分析，经济社会的发展要求审计不仅要查错纠弊，维护经济社会秩序，还要揭示体制机制方面存在的问题，促进公共资源得到合理配置和有效利用。在这一发展过程中，人们对审计的规律、本质和功能的认识也在不断深化，最初定位在查错纠弊，后来发展到国有资产的守护神，进而认识到现代国家审计是民主法治的产物和推进民主法治的工具，是保障国家经济社会健康运行的 “免疫系统”。这是人们在不同历史发展阶段、从不同角度认识审计的概括和总结，也是审计的本质和规律在不同历史阶段的外在表现。
当前，我国经济社会发展正处于经济结构调整期、资源环境改变期、社会矛盾凸现期和各项改革攻坚期，影响发展的体制机制障碍依然存在，改革攻坚面临深层次矛盾和问题。这些都对审计工作提出了新的更高的要求，审计法规定审计要“维护国家财政经济秩序，提高财政资金使用效益，促进廉政建设，保障国民经济和社会健康发展”。审计机关要履行好法定职责，就必须“牢固树立科学审计理念，充分发挥‘免疫系统’功能”。这是一种理念，绝不是一句口号，更不能将其作为套话，写在纸上、说在嘴上，而是要真正落实在行动上，真正用于指导审计实践。
作为保障国家经济社会健康运行的“免疫系统”，首先必须充分发挥预防功能。作为一种制度安排，国家审计具有内生性的威慑作用，因此，必须加强审计监督，充分发挥其对影响经济社会健康运行的各种“病害”的抑制作用。作为依法履行监督职责的审计机关，具有独立、客观、公正、超脱、涉及社会各方面的优势，因而能够而且有责任及时发现苗头性、倾向性问题，及早感受风险，提前发出警报，起到预警作用。第二，必须充分发挥揭露功能。根据法律规定，审计的首要职责是监督，监督就必须查错纠弊。所以，审计必须查处违法违规、经济犯罪、损失浪费、奢侈铺张、损坏资源、污染环境、损害人民群众利益、危害国家安全、破坏民主法治等各种行为，并依法对这些行为进行惩戒；必须揭示体制障碍、制度缺陷、机制扭曲和管理漏洞，以保护经济社会运行的安全健康。第三，必须充分发挥抵御功能。审计不仅要揭露问题，更要对产生这些问题从微观到宏观、从个别到一般、从局部到全局、从苗头到趋势、从表象到里层，进行深层次分析、揭示和反映，调动积极因素，防止消极因素入侵整个经济社会系统，促进改革体制、健全法治、完善制度、规范机制、强化管理、防范风险，提高经济社会运行质量和绩效，增强经济社会运行的“免疫力”，推动经济社会全面协调可持续发展。因此，我们必须顺应时代发展潮流，适应经济社会发展需求，把握审计的基本特征，遵循审计的内在规律，立足建设性、坚持批判性，立足服务、坚持监督，立足全局、坚持微观查处和揭露，立足主动性、坚持适应性，立足开放性、坚持独立性；坚定不移地揭露和查处重大违法违规和经济犯罪案件线索，坚定不移地深入揭示体制机制上的问题，坚定不移地提出完善制度和规范管理的建议，切实承担起审计的历史责任，更加全面、有效地发挥审计的作用”。
