内部审计机构，是指在部门、单位内部从事组织和办理审计业务的专门组织。它是我国审计主体的重要组成部分。早在审计署正式成立以后，我国就提出了实行内部审计制度问题，并根据国务院的要求，许多部门和单位相继建立了内部审计机构；在《国务院关于审计工作的暂行规定》中，进一步规定了内部审计机构的设置、领导关系、审计任务等问题；后来在《审计条例》中，对内部审计机构又做了进一步的规范；1994年颁布的《审计法》中确立了内部审计制度的法律地位和明确了审计机关与内部审计的法律关系；1995年颁布的《审计署关于内部审计工作的规定乱更全面地规范了内部审计机构的设置、领导关系、审计范围、主要权限、工作程序、内部管理及与审计机关的关系等。
《中华人民共和国审计法》第29条规定：“国务院各部门和地方人民政府各部门、国有的金融机构和企业事业组织，应当按照国家有关规定建立健全内部审计制度”。内部审计制度，是部门、单位健全内部控制，审查财政、财务收支，改善经营管理，提高资金使用效果，提高经济效益或者工作绩效的一项重要的管理控制制度。
在我国实行内部审计制度，有利于企业通过内部审计来检查和评价内部各单位履行经济责任的状况，加强内部管理和控制，挖掘内部潜力，提高经济效益，增强竞争能力，维护自身的合法权益；有利于其他占有和使用国有资产的部门和单位，通过内部审计来保障国有资产的安全完整，提高国有资产的利用效果和效率；有利于国家通过内部审计促使各部门、各单位加强对国有资产的经营或管理，以巩固和发展国有经济。
根据审计法和《审计署关于内部审计工作的规定入国务院各部门和地方人民政府各部门、国有的金融机构和企业事业组织，以及法律、法规、规章规定的其他单位，依法实行内部审计制度，并在下列单位，设立独立的内部审计机构：
1．审计机关未设派出机构，财政、财务收支金额较大或者所属单位较多的政府部门；
2．县级以上国有金融机构；
3．国有大中型企业；
4．国有资产占控股地位或者主导地位的大中型企业；
5．国家大型建设项目的建设单位；
6．财政、财务收支金额较大或者所属单位较多的国家事业单位；
7．其他需要设立内部审计机构的单位。
上述单位可以根据需要，设立总审计师。
其他审计业务较少的单位，可以设置专职内部审计人员。根据内部审计机构设置的范围，我国内部审计机构包括部门内部审计机构和单位内部审计机构。部门内部审计机构，指国务院和县以上地方各级政府按行业划分的业务主管部门设置的专门审计机构。单位内部审计机构，指国有金融机构、国家企业事业等单位设置的专门机构。
我国内部审计机构在本单位主要负责人的直接领导下，依照国家法律、法规和政策，以及本部门、本单位的规章制度，对本单位及所属单位的财政、财务收支及其经济效益进行内部审计监督，独立行使内部审计监督权，对本单位领导负责并报告工作。关于企业内部审计机构的领导体制，国内外基本有三种类型：一是受本单位总会计师或主管财务的副总经理领导；二是受本单位总经理或总裁领导；三是受本单位董事会或其下属的审计委员会领导。事业单位及行政机关的内审机构则由最高管理者领导或其他副职领导。
内部审计机构能否有效地进行审计监督，与内部审计机构在组织中的地位、权力、责任及其人员与管理能力等方面条件总是相关的。内部审计机构必须处在较高的地位，同时得到领导者有效的支持；内部审计机构必须要有广泛的活动范围及一定的权力；内部审计机构必须配备合适的人员和选用科学的管理方法。这些条件中最关键的是内部审计机构和人员要具有一定的独立性，它决定着内审工作的效果。内部审计机构应该具有不受约束、客观地进行工作的实质上的独立性。一定程度的独立性对于内部审计机构提供完整的、公正的审计结果、意见和建议是完全必要的。在内部审计关系上，独立性是审计人员与被审计单位之间关系的特性，它保证审计人员的审计发现和审计报告仅仅只受取证的影响和审计准则、职业训练原则的影响。
独立性是借助其在组织中的地位、目的和客观性实现的。内部审计机构在组织中的地位，应足以保证其履行审计职责。内部审计机构在组织中的地位，以及管理部门对它的支持，是内部审计活动受到重视的决定性因素。内部审计要获得涉及整个单位各环节工作的信息，并要取得高层次的保密资料；内部审计要向高级管理人员报告工作，要和他们保持经常的联系并取得他们的信赖，以助于得到他们持续不断的支持；内部审计要与中层管理人员保持联系与平等地位，并要求他们贯彻审计意见等等。这就需要内部审计机构在单位处于较高的地位，接受部门或企业中一个有权力的高级行政管理人员的领导，而不能属于哪一个部门的领导。内部审计机构在单位中的地位越高，并且能与所依靠的领导保持非常密切的联系，这样就有利于它与其他业务部门保持一种平等的、无间隙的关系，从而使其工作责任的重要性得到公认。
内部审计机构除了应具有必要的独立性以外，在业务工作上还应得到必要的指导和监督。
内部审计机构建立，一定要报经单位最高管理组织或主管部门批准；其规模大小，主要根据单位职工人数、经营规模、业务性质及其复杂程度、经营管理状况与收益状况确立；人员编制，主要取决于审计任务的轻重及复杂程度。内部审计的组织结构，一是与企业的资源及所处的地理环境有关；二是与业务性质和业务范围有关；三是与内部审计职能作用有关；四是与计划编制人数有关。
内部审计机构与外部审计机构相比较，一是具有内向性，即内部审计是为加强单位内部经营管理和控制服务的。它是本单位管理机能的一部分；二是具有广泛性，即内部审计不局限于对财政、财务收支审计，而且要对内部控制、生产经营及经济效益各个方面进行检查、分析与评价；三是具有及时性、针对性和经常性，因为内部审计人员常年工作在本部门、本单位内部，熟悉情况，并可以随时了解情况、发现问题，这样有助于及时、有针对性和经常地提出建议，并督促其采取措施贯彻执行。
尽管内部审计是相对独立的，但独立性是内部审计的基本特征，设立内部审计机构必须符合审计独立性的要求。无论是部门中的还是企业单位中的内部审计机构，都必须保持其组织上和业务上的独立性。既不能把内部审计机构附设在财务部门中，也不能附设在其他职能部门中，否则，就丧失了它的独立性，就难以客观公正地进行审计。独立性是内部审计机构设置的前提要求。
所谓专职，是指内部审计部门及人员应该是专门从事审计工作的机构和人员，它完全置身于其他具体的业务活动之外。所谓高效，是指内部审计机构的设置应该精干，因事纳人。专职高效是内部审计机构设置的基本要求。
只有具有一定的权威，才能顺利开展内部审计工作。审计署在《关于内部审计工作的规定》中指出，内部审计是国家授予的权力，部门、单位在设立内部审计机构时，应就内部审计的职责和权限作出明确规定，并强调内部审计的权威性，以利于工作的进行。内部审计机构自身也要通过审计成果的科学性来增强其权威性。
内部审计机构，从事着一个组织内部中的独立审计活动，它的基本任务是对全部管理职能进行系统的检查和评价，向管理部门报告关于内部管理的方针、实务和控制是否具有效率性、经济性和效果性。具体任务一般包括以下5个方面：
1．审查本单位和所属单位的财政、财务收支及其有关的经济活动是否符合国家规定；
2．保护国家和单位的资产安全完整，不受损失；
3．检查和评价内部控制制度是否健全和有效；
4．促进本单位做出的有关决策和制定的措施得到贯彻和落实；
5．促进提高工作绩效、经济效益或资金的使用效果。
内部审计机构不是简单的、机构的信息反馈系统，而是除检查和评价之外，还要深入研究改进的措施，以便提出合理的建议。因此，对本单位及所属单位下列事项都要进行深入地审计：
1．财务计划或者单位预算的执行和决策；
2．财政、财务收支及其有关的经济活动；
3．经济效益与工作绩效；
4．内部控制制度；
5．经济责任；
6．建设项目预算、决算；
7．国家财经法规和部门、单位规章制度的执行；
8．其他审计事项。
内部审计机构对本部门、本单位与境内、外经济组织兴办合资、合作经营以及合作项目等的合同执行情况，投入资金、财产和经营状况及其效益，依照有关规定，进行内部审计监督。部门内部审计机构可以对行业经济管理中的重要问题开展行业审计调查。
基于内部审计机构具有内向性、广泛性和及时性等特点，为了适应市场经济不断发展的需要，内部审计机构应充分利用自己的优势，在促进单位内部控制制度建设的基础上，积极地拓展经济效益审计。由经营项目审计入手，逐步开展经济性、效率性、效果性审计，以及管理决策等方面的审计。提高本部门、本单位的工作绩效和经济效益应逐步成为我国内部审计机构的主要工作目标。
部门、单位的管理当局应当给内部审计人员提供充分接近单位组织的一切记录、财产和有关人员的权力；内部审计机构应无约束地去审查和评阅单位政策、计划、程序和记录。根据内部审计工作规定第11条，在审计管辖范围内，内部审计机构有以下主要权限：
1．要求报送资料权。根据内部审计工作的需要，要求有关单位及时报送计划、预算、决策、报表和有关文件、资料等。
2．审核检查权。即审核凭证、账表、决策资料，检查资金和财产，检测财务会计软件，查阅有关文件和资料。
3．参加会议权。内部审计机构及其有关人员有权参加本部门、本单位召开的与审计有关的会议及重要的经营决策会议。
4．调查取证权。对审计涉及的有关事项进行调查，并索取有关文件、资料等证明材料。
5．临时制止权。对正在进行的严重违反财经法规、严重损失浪费的行为，经部门或者单位负责人同意，做出临时制止决定。
6．临时措施权。对阻挠、妨碍审计以及拒绝提供有关资料的，经单位领导人批准，可以采取必要的临时措施，并提出追究有关人员责任的建议。
7．建议意见权。内部审计机构有权提出改进管理、提高效益的建议和纠正、处理违反财经法规行为的意见。
8．建议反映权。对严重违反财经法规和造成严重损失浪费的直接责任人员，内部审计机构有权提出处理的建议，并按有关规定，向上级内部审计机构或者审计机关反映。
部门、单位可以在管理权限范围内，授予内部审计机构处理、处罚的权限。
最高审计机关国际组织在第七届、第八届、第九届、第十二届等会议上，系统而深入地讨论了国家最高审计机关与内部审计机构之间的关系，并形成了决议、写入了有关的“指南”或“声明”之中。其主要精神有：最高审计机关应系统地、不断地促进其审计范围内各机构的内部审计制度和内部审计机构的建立和完善；内部审计机构应当从属于所在单位领导，但应尽可能在组织机构方面保持它在职能上和组织上的独立性。特别要强调内部审计机构应直接向其单位领导负责的重要性；内部审计是内部控制的一个重要方面但又有所区别，内部审计工作包括对经营管理及其结果的审计；为保证内部审计制度和机构能有效地发挥作用，可由最高审计机关制定原则和一般的规则、规章，要求或者建议受其审计的内部审计的工作效果，如果不与国家法律相抵触的话，最高审计机关在其给议会的报告中应写入它们对内部审计工作效率、工作量及其结果的评价；虽然最高审计机关与内部审计在目标上是有差别的，但它们之间应有紧密的工作关系，为了避免不必要的工作重复，它们之间应进行多方面的情况交流，包括专业交流、最高审计机关对内部审计要给予特殊信赖，以及帮助内部审计开展专业人员培训工作等。
我国《审计法》第29条中指出：“……各部门、国有的金融机构和企业事业组织的内部审计，应当接受审计机关的业务指导和监督。”《内部审计工作规定》第6条进一步明确了指导和监督的内容是：
1．按照法律、法规和各级政府的要求，起草内部审计法规草案，制定内部审计准则和其他内部审计规章、制度；
2．指导和监督有关部门、单位建立健全内部审计机构，配套内部审计人员；
3．指导、监督内部审计机构和审计人员按照有关规定进行内部审计工作；
4．组织内部审计理论研究，培训内部审计人员；
5．总结、交流、宣传内部审计工作经验，表彰内部审计先进单位和个人
