扣除法，也称“列支法”，是居住国政府在行使管辖权时，允许本国居民用已缴非居住国政府的所得税或一般财产税税额，作为向本国政府汇总申报应税收益、所得或财产价值的一个扣除项目，就扣除后的余额，计算征收所得税或一般财产税。
居住国应纳税额=×居住国税率
扣除法只能在一定程度上减轻跨国纳税人的税收负担，不能从根本上解决国际重复征税问题。
经合组织范本《关于对所得和财产的重复征税协定范本》与联合国范本《关于发达国家与发展中国家间双重征税的协定范本》没有推荐使用这种方法。
以扣除法避免国际重复征税的效果并不理想，因为居民在国外的实际净收入是已经纳过税的税后收入，按理讲这部分收入不该再征税，否则就构成了一笔所得两次纳税。从这个意义上讲，扣除法仅仅是缓和了重复征税的程度。尽管扣除法对跨国纳税人有一定吸引力，即将国外已纳税款作为费用扣除本身，意味着费用范围的扩大。但是终究海外费用的总额不可能超过其海外总收入额，因此这种方法对跨国避税是不适宜的。
指导原则扣除法的指导原则是把居住在本国的跨国纳税人在收入来源国交纳的所得税视为一般的费用支出在计税所得中减除。与免税法对比，在扣除法下，纳税人的税收负担水平高，国外所得并没有完全消除重复征税，只是有所减轻。
比如，纳税人收入100万元，在国外缴了30万元的税，剩下的70万拿回祖国，祖国根据70万元收税。
计算公式假定纳税人在某年度取得的总收入为Y，其中居住国和非居住国的收入分别为Yd、Yf，又设居住国和非居住国所得税率分别为rd、rf，其在居住国和非居住国的应纳税额分别为Td、Tf，则根据扣除法有：
Td = rd = rd 式1
如果居住国没有采取消除重复征税的措施，该跨国纳税人在居住国的应纳税额为：
Td = Y * rd = * rd 式2
由于其应就境外收入在非居住国纳税，税收负担为：
Tf = Yf * rf 式3
因此，该跨国纳税人的境外收入Yf就承担了重复征税的税收负担，重复课税额Tdb为：
Tdb = Yf * rf 式4
Tdb = Yf * rd
由式1和式2，采用扣除法后，该跨国纳税人所得的税收扣除额Tdb为：
Tdb = Yf * rf * rd 式5
由式4和式5，采用扣除法后的重复课税额T_m为：
Tm = Yf * rf − Yf * rf * rd = Yf * rf * 式6
Tm = Yf * rd − Yf * rf * rd = Yf * rd
由于rd < 1，rf < 1，故Tm > 0，所以扣除法只是缓和了国际重复征税，并未使其得到完全免除。在国际税收实践中，扣除法极少被运用。有些国家在既采取抵免法的同时往往又采取扣除法，如新西兰规定，对本国居民来自英联邦成员国的所得已缴纳的所得税，可以用抵免法，而对来自英联邦以外国家的所得已缴纳的所得税，则列入费用，在应税所得中扣除。
举例扣除法可用下面的例子予以说明，在此仍然采用上面阐述免税法和抵免法的条件。A国居民公司R在某一纳税年度的总所得为300万元，其中源自A国的所得为200万元，源自B国的收入为100万元。A国所得税率为35%，B国所得税率为20%和40%两种情况。
在不实行扣除法的情况下：
R公司在A国的纳税额为300×35%=105，在B国的纳税额为20万元或40万元。这样，R公司的总税负为125万元或145万元。
在实行扣除制的情况下：
当B国税率为20%时，R公司在A国的应纳税额为×35%=98万元，其总税负为98+20=118。
当B国税率为40%时，R公司在A国的应纳税额为×35%=91万元，其总税负为91+40=131。
